‘如果神用六天创造出了世界，我将在六十分钟内破坏殆尽，创造出乐园’
　　突如其来现身的谜之男子伊斯 / 假面骑士Eden，与信仰他的一亿名信徒一起，于世界各地引发多起恐怖行动。当人们接连崩溃倒下，世界处于大混乱之中，为了阻止埃斯而站出来的飞电或人、不破谏、刃唯阿、天津垓，以及灭亡迅雷.net的迅、灭等人，作为假面骑士在与敌人战斗时奋力追查真相。
　　到底，拥有压倒性强大力量的伊斯真面目到底是。伊斯试图创造乐园，又到底有什么意图？